機場
距南通興東機場20公裏(車程約30分鐘)
距上海虹橋國際機場96公裏(約1小時車程)
距離上海浦東國際機場150km(車程約1.5h)。
港口
距南通港5公裏(其中B區毗鄰南通港-港區)
距離上海吳淞港140公裏
距離上海洋山港180公裏
鐵路
距南通火車站約15km(約20分鐘車程，距在建城際鐵路南通西站約25km)稅收優惠政策。
1.基建材料和進口設備免征進口關稅和進口環節稅。
(1)區內生產性基礎設施建設項目所需的機器設備和建設車間、倉儲設施所需的基建物資免稅；
(二)區內企業所需的機器、設備、模具及維修用零部件免稅；
(三)區內企業和行政機構自用合理數量的辦公用品免稅。區內企業從國外進口自用的機器設備免稅。
2.進口貨物在保稅區內保稅。
3.境內(境內區外，下同)貨物入區視同出口，實行出口退稅。
4.區內貨物進境銷售時，應當按照貨物進口的有關規定辦理報關手續，並按照貨物的實際狀態征稅。
5.區內企業之間的貨物交易免征增值稅和消費稅。
6.區內企業生產出口貨物所消耗的水、電、氣允許退稅。
(2)貿易控制政策
除法律、行政法規和規章另有規定外，進出口配額、許可證不實行進出境貨物管理。
(三)保稅監管政策
1.該地區的保稅貨物沒有儲存期。
2.區內加工企業不實行銀行存款臺賬管理，不受《加工貿易限制類商品目錄》的限制。
3.貨物可以在區內企業間自由流動。
(4)外匯政策
根據《保稅監管區域外匯管理辦法》，註冊便利，區內企業可實現貨物貿易項下跨境、跨區域人民幣自由結算。
(五)檢驗檢疫政策
1.對區內企業出口加工所需原材料和自用辦公、生活用品實行免檢和強制性認證。
2.中國境內進入區內無需辦理通關手續的貨物，免於檢驗檢疫。
(六)其他優惠政策(壹事壹議)
人才激勵政策
產業支持政策
鼓勵外貿增長的政策
重大項目支持政策根據《國務院關於推廣中國(上海)自由貿易試驗區可復制改革經驗的通知》(國發[2014]65號)，積極實施海關監管制度和檢驗檢疫制度創新措施。
海關
將實行“兩證壹審”，自助運輸、批量出入境、集中申報、智能卡口通關、統壹備案清單、無紙化通關所附簡化單證、提前報關、保稅展示交易、期貨保稅交割、融資租賃、境內外維修、集中納稅。
檢驗檢疫
分線監督管理、進口貨物預檢驗、檢驗檢疫無紙化通關、維修行業全球檢驗檢疫監管、過境貨物原產地證書管理、第三方檢驗結果受理、出入境生物材料產品風險管理、動植物及其產品檢疫審批負面清單管理南通綜合保稅區開發有限公司
南通綜合保稅區發展有限公司主要負責南通綜合保稅區的開發建設、擔保服務、項目運營和資產管理。
南通綜合保稅區物流中心有限公司
全資子公司南通綜合保稅區發展有限公司是海關特殊監管區域內的服務運營商，擁有11865平方米的現代化保稅倉庫，包括冷庫和恒溫倉(5-18度)各1500立方米，可為國內外客戶提供貨物存儲、分揀和分撥服務。
南通綜合保稅區中外運物流有限公司
南通綜合保稅區發展有限公司是與中國外運集團的合資公司，主要負責綜合保稅區B區海關監管平臺的運營。提供普通公路貨運、國際貨運代理及代理報關報檢、貨物倉儲、裝卸、貨物分揀包裝、自營及代理各類商品進出口等綜合服務。
南通綜合保稅區進口商品直銷中心有限公司
主要依托綜保區的保稅功能和海關、檢驗檢疫等特殊監管政策，以“前店後倉”的模式集中展示銷售進口商品，為入駐平臺的進口商提供服務。
南通通海港口有限公司
主要負責通海港區的開發、建設和運營。整個港區岸線長約2.5公裏，可建8個集裝箱泊位。前三個泊位即將開工。