該校與國家審計署同時誕生，與中國審計事業同步發展，因審而立，因審而興，因審而強。學校管理體制調整為省廳建制後，審計署繼續支持南京審計大學的發展。全國政協副主席、原審計長李金華擔任我校名譽校長。學校依托產業和區位優勢，努力將豐富的行業資源和優質的區域資源轉化為辦學資源，進而轉化為獨特的辦學優勢，實現了跨越式發展。
學校秉承“誠信求實，為學為公”的校訓精神，以“特色化、精品化、國際化”為辦學理念，堅持“教學興校、人才強校、特色優校”的辦學戰略，樹立“大審計”的教育理念，以審計為品牌，經濟、管理、法律、文學、科學、工程等學科相互支撐。
學校有浦口和莫愁兩個校區，占地2200多畝。新校區校園內山川交融，樹石交融，到處種著松、竹、梅、菊。這座建築采用新古典主義建築風格。在散步的過程中，妳可以看到湖泊和書籍的聲音，展示了人與自然的和諧。
學校設有11二級學院和2個教學部，以及1二級民辦學院和1繼續教育學院，本科專業24個。其中，審計學、金融學為教育部專業建設點，審計學為江蘇省品牌專業，金融學為江蘇高校品牌專業建設點，金融學、信息管理與信息系統、國際經濟與貿易為江蘇高校專業建設點。2007年以“優秀”成績通過教育部本科教學水平評估。現有學生近18000人。
學校的師資隊伍結構合理，素質優良，充滿活力。審計署的審計長、副審計長及多名業務骨幹擔任過我校名譽教授，美國、法國等十多個國家的審計長擔任過我校名譽教授，每年都來講學。
2003年，經教育部批準，與南京大學聯合培養會計(審計)和國民經濟學專業研究生。學校有會計(審計)、金融學、國民經濟學、政治經濟學、企業管理、行政管理、法學理論7個江蘇省重點建設學科。審計學科梯隊、金融學學科梯隊為江蘇省優秀學科，現代審計理論與方法研究、區域金融創新研究為江蘇省高校“藍色工程”科技創新團隊，審計教學團隊為國家級優秀教學團隊；《審計高等教育的理論探索與實踐創新》獲江蘇省高等教育教學成果特等獎、全國優秀教學成果二等獎。江蘇審計信息工程重點建設實驗室、中國內部審計學會內部審計發展研究中心等7個獨立科研機構。審計模擬實驗室和金融實驗教學中心是江蘇省高校基礎課實驗教學示範中心。出版發行中國經濟核心期刊《審計與經濟研究》、《南京審計大學學報》。
學校堅持國際化、開放式辦學，與美、英、法等十幾個國家和地區的審計監察機構、高等院校、行業組織建立了廣泛的學術交流，建立了“中澳班”、“中英班”等多種中外合作辦學模式。與國際知名會計組織——英國特許公認會計師公會(ACCA)合作開展國際註冊會計師資格培訓，並於2002年被ACCA總部授權為“全球推薦培訓機構”。2007年，我校被IIA(國際內部審計師協會)認可為IAEP(內部審計教育合作夥伴)在中國唯壹的“合作級”機構，成為IIA在全球認可的39所機構之壹。借助IAEP項目平臺，與世界知名大學開展教師互聘、學分互認、學生互換、科研合作等。
20多年來，學校始終遵循高等教育規律，把握人才成長的時代特征，創新人才培養模式，促進人才培養質量的不斷提高，為國家審計、金融系統、其他政府經濟監管部門、世界四大會計師事務所、企事業單位培養和輸送了大批具有較強實踐創新能力的高素質人才。