《合同法》第五十八條規定，“合同無效或者被撤銷後，因合同取得的財產應當返還；無法返還或者沒有必要返還的，應當折價賠償。有過錯的壹方應當賠償對方所受的損失。雙方都有過錯的，應當各自承擔責任。”具體到房屋租賃合同，因違法建設導致合同無效後的處理主要包括以下幾個方面:
(壹)房屋租賃合同無效返還後，承租人占有、使用租賃房屋的法律依據已經喪失。因此，承租人應當向出租人返還其根據合同取得的財產，即租賃房屋。
(二)繳納房屋使用費。
《城市房屋租賃合同解釋》第五條第壹款規定“房屋租賃合同無效，當事人請求按照合同約定的租金標準支付房屋占用費的，人民法院壹般應予支持。”
根據該規定，房屋租賃合同無效，出租人可以參照合同約定的租金標準要求承租人支付使用費。
(三)按照過錯分擔損失
根據《城市房屋租賃合同案件解釋》第九條至第十三條規定，承租人與出租人約定裝修的，出租人同意使用的裝修可以折價歸出租人所有。出租人不同意使用的裝修，不形成附屬物的，承租人可以拆除；已形成約定的，雙方按照導致合同無效的過錯分擔現值損失。
承租人未經出租人同意進行裝修或擴建所發生的費用由承租人承擔。出租人可以要求承租人恢復原狀或者賠償損失。
綜上所述，房屋租賃合同因標的物為違法建築而被認定無效的，承租人應當將房屋返還出租人，並參照租賃合同按房屋實際用途繳納房屋占用費；合同無效造成的損失，包括承租人裝修的現值，由雙方根據過錯程度分擔。
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