莫愁校區是繼續教育學院所在地。
2.浦口校區，位於江蘇省南京市浦口區江浦街道玉山西路86號，是南京審計大學本部。
南京審計大學所有全日制本科和研究生教學均設在浦口校區。
學校浦口校區山川錯落，樹石相間，莊重典雅，清新自然，設施精良；創辦潤園、袁澤、成園、沁園書院，探索專科院校“雙元制”教育模式。
3.南京審計大學擁有國際審計學院、會計學院等21專門學院(教學部)，政府審計學院、審計與評估院等10特色學院(研究院)。本科專業33個。其中，審計、財政、金融是教育部特色專業建設點，審計、金融是教育部“專業綜合改革試點”；審計、財政、金融、工商管理、管理科學與工程是江蘇省“十二五”重點專業，審計、財政、金融是江蘇高校的品牌專業。金融、會計、工商管理、國際經濟與貿易、信息管理與信息系統是江蘇省的特色專業。審計教學團隊是國家級教學團隊；審計學教學團隊和金融學核心課程教學團隊是江蘇省高校優秀教學團隊。金融專業復合型應用型金融人才培養模式創新實驗基地是江蘇省高等教育人才培養模式創新實驗基地。《審計高等教育的理論探索與實踐創新》獲江蘇省高等教育教學成果特等獎、全國優秀教學成果二等獎。
學校“審計科學與技術”、“現代審計科學”(支持學科:法學、管理科學與工程)入選江蘇大學優勢學科建設項目壹、二期，應用經濟學學科入選江蘇大學優勢學科建設項目重點序列學科，理論經濟學學科入選江蘇省“十三五”重點(培育)學科，包括管理學、統計學、計算機科學與技術、數學、馬克思主義。
學校有152個全日制職稱，480個博士學位；特聘教授，教育部長江學者，講師5人，中組部“千人計劃”1人，“千人計劃”2人，教育部1人，中宣部跨世紀優秀人才1人，“四組”人才1人。享受政府特殊津貼專家8人，省部級有突出貢獻中青年專家6人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”3人，國家審計碩士專業學位教學指導委員會委員1人，教育部教學指導委員會委員5人，財政部國家領軍(後備)人才(學術)3人，司法部“全國優秀教師”1人。江蘇省青年科學家1人，江蘇省優秀社科工作者1人，江蘇省“雙創計劃”人才2人，江蘇省特聘教授3人，江蘇省名師1人；江蘇省“333人才工程”培養54人(含二級6人)，江蘇省“六大人才高峰”培養14人；江蘇省“藍色工程”中青年學科帶頭人36人，優秀青年骨幹教師77人。江蘇省優秀教育工作者4人。