天生橋二級水電站是壹座高水頭引水式水電站。大壩上遊的庫容很小，泥沙很快就會淤積在壩前。樞紐的首要任務是處理水庫的淤積問題。水庫運行的原則應是在減少庫區淤積、減少進洞泥沙量、確保運行安全的前提下，充分滿足發電需要。天生橋壹級水電站建成後，二級水電站泥沙問題將得到緩解，將進壹步考慮提高發電要求和調整運行方式。天生橋二級水電站初步設計階段規定的正常水位為645.0m，汛限水位為637.0m。根據天然河流來水來沙條件和樞紐防沙排沙要求，參考水庫淤積計算和模型試驗資料，制定調度方式如下:
(1)枯水期，當河道流量小於800 m3/s時，壩前水庫水位升至設計蓄水位645.0m
(2)汛期初期，河流平均流量約為800立方米每秒，壩前水位降至640.0米。
(3)汛期第壹次洪水洪峰期，壩前水位穩定在640.0米，隨後隨洪峰逐漸降至637.0米；
(4)之後，每次波動的峰值時間穩定在637.0米..但當流量小於800立方米每秒時，壩前水位仍達到645.0米。
這種調度方式可以將庫區床面長期控制在較低的高程，同時可以緩沖上遊洪水溯源的沖力，減少進洞的泥沙量。