1.不同類型公司:杭州地鐵集團有限公司是杭州市政府直屬企業，由杭州市人民政府出資，實行地鐵建設、運營、管理壹體化管理模式。杭州杭港地鐵是杭州地鐵集團有限公司與香港知名上市公司即香港鐵路有限公司在杭州共同創辦的企業。其性質是中外合資企業。
2.經營內容不同:杭州地鐵負責杭州市軌道交通的建設、運營和管理，房屋拆遷服務(憑資質經營)，貨物和技術進出口(法律、行政法規禁止的項目除外，法律、行政法規限制的項目取得許可後方可經營)，工程機械設備租賃；房屋租賃、國內廣告設計、制作、代理、發布等。根據特許協議，杭港地鐵投資建設杭州地鐵1號線B部分項目設施，運營、管理和維護1號線項目設施。提供城市快速軌道交通客運服務。開展杭州地鐵1號線項目空間範圍內的商鋪等營業用房出租及其他配套服務；設計、制作、代理和發布國內廣告。
3.運營機構不同:杭州地鐵集團有限公司負責運營杭州地鐵2號線和杭州地鐵4號線兩條線路。杭州杭鋼地鐵有限公司負責運營1線路，即杭州地鐵1號線。