先後獲得衛生部、教育部“全國學生常見病綜合防治先進集體”、衛生部“全國結核病防治先進集體”、市委、市政府“抗擊非典先進單位”等榮譽。連續多年被評為市級文明單位，疾控工作歷年保持全市前列，2006年居全市首位。
1.辦公室:行政事務、黨務人事、精神文明和作風建設、文秘工作、工資職稱、部門考核、車輛管理、衛生信息、圖片和音像資料管理、中心網站管理、軟件系統維護管理；財務，成本核算，門診收費管理。
2.行政科:綜合後勤、安全衛生、印刷、網絡和硬件維護管理、材料、藥品和生物制品管理。
3.項目管理辦公室(以下簡稱“項目辦”):項目引進、項目洽談、項目組織實施、項目評估總結；項目資金預算，項目資金收支管理和監督，項目資金決算和分析。
4.綜合防治部(綜合業務處):綜合業務管理與質量管理、科研與繼續教育、績效考核、疾病控制綜合信息、醫學信息與資料、項目技術與評估管理、農村基本公共衛生服務項目管理、寄生蟲與地方病防治、圖書檔案管理、預防醫學會與中央科學委員會綜合協調。
5.衛生應急辦公室(以下簡稱“應急辦”，下設疫情值班室和應急物資倉庫):突發公共衛生事件的組織、指揮和協調；指導和監督各類應急預案。