小型微型客車出租公司分公司可以在新疆辦理車輛備案和企業備案手續。

當然可以。根據查詢《新疆維吾爾自治區汽車租賃經營備案管理辦法(試行)》可知，新從事小型客車租賃經營的小型客車租賃經營者，可在新疆辦理車輛備案和企業備案手續。應在市場監督管理部門辦理相關登記手續或新服務機構開展經營活動後60日內辦理籌建手續。